Разом із ним заарештували єпископів Миколая Чарнецького, Григорія Хомишина, Никиту Будку, та Івана Латишевського. На всіх завели справи про антирадянську діяльність, зв'язки із Ватиканом, іноземними розвідками та українськими націоналістами.

Доля предстоятеля залишалася невідомою для українців до середини 1946-го. Тоді розповіли, що владику вивезли до Києва. Звинуватили у "ворожій діяльності проти УРСР та співпраці з німецькими окупантами", закидали що публічно підтримав Акт відновлення Української держави 30 червня 1941-го. Призначили 8 років Сибірських таборів, у яких насправді пробуде 18.

Після "відсічення голови греко-католицької церкви" чекісти взялися за саму церкву. У березні 1946-го у Львові відбувся псевдособор, на якому її ліквідували, а значну частину майна передали Російській православній церкві. Греко-католицька церква діяла у підпіллі до 1989 року. Провід здійснював ув'язнений Йосиф Сліпий.