Бої почалися у Брацлаві, сучасного Немирівського району Вінницької області. Українці розбили шляхетський військовий загін.

Наливайко закликав запорожців виступити проти шляхетського панування в Україні після походу проти осман у Молдову. До повсталих приєднався загін козаків гетьмана Григорія Лободи. Наливайко отримав допомогу від Запорізької січі.

Козаки виступали за закріплення утримання у складі коронного війська козацьких підрозділів та за визнання козацьких порядків.

У кінці 1595 року повстанський рух розгорнувся на Волині, Поділлі, Київщині та частково в Галичині. У жовтні 1595 року повстання охопило всю Брацлавщину, Київщину і Волинь. 12 тисячне козацьке військо здобуло Гусятин, Канів, Бар та Луцьк. Навесні 1595 року повстанці через Волинь рушили в Білорусь. Восени повстанські загони гетьмана Лободи боролись проти шляхти у Південному Подніпров'ї, здобули Чигирин і Канів.

У грудні 1595 році польський уряд направив на придушення повстання військові сили гетьмана Станіслава Жолкевського та воєводи брацлавського Януша Збаразького. Лобода виступав за досягнення порозуміння між козаками і польським урядом та уникав з'єднання з військами Наливайка. У березні 1596 року козаки позбавили його булави.