У 1964 році аспірант Біл Інгліш під керівництвом винахідника і батька самої концепції Дугласа Карла Енгельбарта сконструював першу мишку. Пізніше Джеф Руліфсонпокращив конструкцію і розробив програмне забезпечення. 1968 року Дуглас Енгельбарт вперше продемонстрував свій винахід на компютерній виставці Fall Joint в Сан-Франциско.

Першу мишку доктора Енгельбарта було зроблено з дерева, і в ній була лише одна кнопка. Однак ідея нового способу обробки текстових файлів, можливість виділити, скопіювати й вставити частини тексту за допомогою однієї руки лягла в основу багатьох сучасних технологій. Патент на нову мишку отримали 17 листопада 1970 року.

Доктор Енгельбарт отримав від роботодавців $10 тисяч гонорару за свій винахід. Майже через 30 років, 10 квітня 1997 року Дуглас Енгельбарт отримав у Музеї американської історії Смітсонівського інституту у Вашингтоні Премію Лемельсона від Массачусетського технологічного інституту.

Поширена легенда, що назву "мишка" маніпулятор отримав у Стенфордському Дослідницькому Інституті через схожість сигнального проводу з хвостом однойменного гризуна. Разом з тим, у той час маніпулятор був зовсім не схожий на мишу, а назва є абревіатурою від M-manually O-operated U-user S-signal E-encoder.

Серійне виробництво комп'ютерних мишок розпочалося в 1981 році, коли кнопку замінили на кульковий привод.